Nouvelle classification au 14 avril 2016

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Nouvelle classification au 14 avril 2016

Message  Cyclamen le Mer 27 Avr 2016, 11:54

Pour ceux qu'une doc de 100 pages en Anglais n'effraie pas... :
La nouvelle classification de nos protégés Centraméricains (et les critères à l'appui de...) est disponible ici

Bonne lecture !
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Re: Nouvelle classification au 14 avril 2016

Message  Oxygene le Mer 27 Avr 2016, 12:01

Merci pour le lien Gilles Smile
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Re: Nouvelle classification au 14 avril 2016

Message  flamentgil le Mer 27 Avr 2016, 13:25

Merci pour ce lien. Mais trop lourd à mon goût! Lol
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Re: Nouvelle classification au 14 avril 2016

Message  Cyclamen le Mer 27 Avr 2016, 14:54

Tu peux l'imprimer en recto verso...
Ca fait "plus que" 50 pages... (...)
C'est mieux pour le moral... avant de s'y plonger... Laughing
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Re: Nouvelle classification au 14 avril 2016

Message  flamentgil le Mer 27 Avr 2016, 16:48

Cyclamen a écrit:Tu peux l'imprimer en recto verso...
Ca fait "plus que" 50 pages... (...)
C'est mieux pour le moral... avant de s'y plonger... Laughing
👍... C est une idée ça! Pour le psychilogique, ça sera peut être mieux. Euh non! C est pas le cas! Lol. Wink
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Re: Nouvelle classification au 14 avril 2016

Message  Meeki67 le Mer 27 Avr 2016, 18:07

Téléchargé. Thorichthys ne change pas. Ouf !
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Re: Nouvelle classification au 14 avril 2016

Message  Nedr le Mer 27 Avr 2016, 19:46

Euh, les aspirines ne sont pas fournis
Merci Gilles Smile

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Re: Nouvelle classification au 14 avril 2016

Message  Uaru le Mer 27 Avr 2016, 21:13

Merci Wink
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Re: Nouvelle classification au 14 avril 2016

Message  gbx le Mer 31 Aoû 2016, 20:02

Qui est preneur d'un petit résumé ?
Attention, il y a de gros pièges pour ceux qui font "lecture rapide"... No
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Re: Nouvelle classification au 14 avril 2016

Message  Philippe.Beaucousin le Mer 31 Aoû 2016, 21:51

gbx a écrit:Qui est preneur d'un petit résumé ?
Attention, il y a de gros pièges pour ceux qui font "lecture rapide"... No

Bonjour Bernard

Oui n'hésites pas
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Re: Nouvelle classification au 14 avril 2016

Message  gbx le Ven 02 Sep 2016, 18:59

Bon, s'il n'y a que Philippe, je lui téléphonerai les résultats
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Re: Nouvelle classification au 14 avril 2016

Message  xema le Ven 02 Sep 2016, 20:35

Il y a moi aussi!

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Re: Nouvelle classification au 14 avril 2016

Message  Oxygene le Ven 02 Sep 2016, 20:58

Je suis preneur également Very Happy
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Re: Nouvelle classification au 14 avril 2016

Message  dp13 le Ven 02 Sep 2016, 21:42

Moi aussi....
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Re: Nouvelle classification au 14 avril 2016

Message  Philippe.Beaucousin le Sam 03 Sep 2016, 06:56

gbx a écrit:Bon, s'il n'y a que Philippe, je lui téléphonerai les résultats

Oui tu peux aussi
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Re: Nouvelle classification au 14 avril 2016

Message  maculicauda le Sam 03 Sep 2016, 09:47

ok pour moi aussi

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Re: Nouvelle classification au 14 avril 2016

Message  Nedr le Sam 03 Sep 2016, 10:58

Un tir groupé pour le groupe America Wink

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Re: Nouvelle classification au 14 avril 2016

Message  gbx le Mar 06 Sep 2016, 13:46

study Bon, je fais un "résumé" ici et on voit pour une publication plus lourde avec Philippe
Pour info, une autre publication de O. RICAN sur la colonisation de la région est en préparation…

Oldřich Říčan, Lubomír Piálek, Klára Dragová & Jindřich Novak 2016
Diversity and evolution of the Middle American cichlid fishes (Teleostei: Cichlidae)
with revised classification
Vertebrate Zoologie 66(1) ; 1-102
On commence par un petit mot sympa des auteurs : This review is dedicated to the many enthusiastic cichlidophiles who are obtaining information of great value to professional ichthyologists and who are the true lovers of these remarkable fishes.

Cette publication est très complète, pour certains c’est même LA publication qui risque de faire longtemps référence (mettant fin au doute sur l’utilisation de la classification de Kullander) car elle s’appuie sur la nouvelle analyse de génome : NGS ddRAD de 107 espèces, incluant 4 gènes mitochondriaux mt-DNA (cyt b, NADH, Cyt c et 16S) et 3 gènes nucléaires n-DNA (RAG1, RAG2 et S7).
Après les études s’appuyant uniquement sur le Cytochrome b (gène mitochondrial – donc très évolutif - qui semble suffisant pour des lignages longs ou pour confirmer l’appartenance de deux populations à la même espèce mais pas adapté aux évolutions complexes avec possible hybridations – ou plutôt pour nous introgressions car c’est un processus long de transfert entre espèces sympatriques - comme chez certaines espèces d’AMC), toutes les autres études (ou presque) s’appuyaient sur la concaténation des résultats des gènes mytochondriaux et des gènes nucléaires en recherchant une « moyenne statistique » pour établir un classement. Mais les résultats prenaient encore beaucoup l’impact du Cyt b et cette concaténation ne faisait pas ressortir les conflits, amenant à créer des relations phylogéniques là où il n’y en avait pas. De plus, on avait du mal à avoir des résultats de probabilité satisfaisants partout (car on ne traitait pas les conflits en cherchant une solution médiane) avec même des arbres validés à 0,56 ou 0,64...
Ces chiffres (à part les erreurs d’identification) sont souvent liés aux conflits entre nDNA et mtDNA qui donnent indépendamment des résultats solides mais qui remis ensemble donnent des doutes en proposant un résultat « moyen » comme par exemple les liens forts entre Cryptoheros et Hypsophrys (en dehors de Amatitlania) ou entre Tomocichla et Herotilapia dans l’analyse concaténée alors que les deux analyses n-DNA et mt-DNA prises séparément donnaient des genres très indépendants.
Autre exemple, l’ex-groupe des Bussingius est proche (avec un ratio de 0,75) des Parachromis (et bien séparés des autres) dans l’analyse concaténée alors qu’avec les analyses mt-DNA, n-DNA et  ddRAD, ce groupe est lié aux Amatitlania.

Pour assoir une phylogénie (et donc décrire les bons genres et les bon regroupements), il faut donc bien analyser séparément les résultats et choisir une version d’arbre proposé par le logiciel (car on a souvent plusieurs solution proches)… jusqu’à l’arrivée du ddRAD qui semble donner de bien meilleurs résultats.
L’analyse ddRAD est plus proche des résultats des études de gènes nucléaires que mytochondriaux mais elle a des « validités » de calcul meilleures (on est partout entre 0,97 et 1 sauf un 0,76/0,87 au niveau des Vieja ex Paratheraps – peut-être aussi pourquoi on n’a pas « tapé dans la butte » - un 0,96 dans les Amatitlania, un 0,93 sur le lien des Thorichthys avec le reste des Herichthyines et un 0,94 au niveau du Panama - entre Talamancaheros/Isthmoheros et Darienheros/Panamius alors que l’auteur souligne qu’ils forment bien un groupe) ce qui permet d’assoir un peu plus la phylogénie.

L’article utilise donc le ddRAD pour les descriptions de genres mais aussi le Cyt b pour séparer les espèces entre-elles.
What a Face  Twisted Evil
Attention, la figure 3 correspond à ces analyses « ancien type » : elle est belle et complète mais ce n’est pas celle qui est utilisée dans la suite du texte : il faut regarder la figure 5 (ou le supplément n°4) pour les descriptions de genres.

Malheureusement, qui dit nouvelle base dit que certaines espèces ont très peu de données disponibles (ex : K. ufermanii ou O. heterospila) et donc certains petits détails pourraient encore évoluer. Il semble aussi que certains specimens n’aient pas forcément le bon nom (Amatitlania siquia, kanna, nanoluteus, Thorichthys affinis) ce qui pourrait faire un peu évoluer les toutes dernières liaisons.

Sur le fond, on arrive bien à la première conclusion que les caractères morphologiques ne peuvent pas déterminer les genres en AMC (en utilisant la matrice de Chakrabarty de 2007) et que la biogéographie (avec les fameuses zones d’endémismes déjà décrites malgré une légère descente vers le Sud de la zone appelée San Juan -> Costa-Rica) est même meilleure ! Dans les « vieux » caractères, l’étude a utilisé les formes post-craniales (les vertèbres et rayons des nageoires) en formant 3 familles : mixte ou ancestral /eaux vives/ eau stagnante, et les formes craniales qui donnent 5 types de forme de crane : ramasseurs/cueilleurs généralistes – des Herichthyines, prédateur, filtreur, détritivore/herbivore généralistes– des Amphilophines - et gratteur/brouteur). Ce nombre très limité de critères « utiles » (3*5 = 15 cas possibles – 13 en fait dont 3 avec un seul genre répondant à la combinaison = 10 clés) ne permet donc pas de venir à bout d’une description aboutie avec plus de 30 genres : il faut bien en ajouter d’autres.
Le premier est la zone d’endémisme qui, avec les 13 caractères morphologiques, amène une classification possible de chaque genre (mais pas de retrouver la phylogénie).
Il est proposé d’utiliser certains caractères morphologiques « exotiques » comme les patrons de reproduction voire les colorations des alevins (ce qui semble donner de bons résultats – 4 groupes formés). On voit aussi un essai de critère sur la taille des œufs (infructueux) et un autre sur la cellule parentale mixte ou avec des rôles bien délimités (qui isole seulement les Criboheros et les Thorichthys).

L’analyse ADN « indépendante » mt-DNA / n-DNA a amené des conflits de résultats pouvant penser à des résultats d’introgression (c’est un mélange entre 2 espèces sympatriques qui se produit sur un long moment – différent d’une hybridation qui est généralement ponctuelle et simple avec un mélange homogène des gènes des 2 parents) – qui vu leur date d’occurrence ont amené aujourd’hui à des espèces bien séparées mais qui posent des problèmes au niveau du rattachement à un genre de ces hybrides issus de lignées parfois très distinctes : il y a des rapprochements de mt-DNA dans les zones géographiques alors que le n-DNA est plus « pur » pour les genres.
Tout ceci confirme le joyeux bazar que nous ont fait nos Cichlidés où après des colonisations de rivières, ils se sont un peu mélangés, certainement pour mieux s’adapter…  No

Pour ce qui est des résultats finaux, Rican reprend les descriptions de quasiment tous les genres qu’il considère valides en AMC. Il y a une petite discussion sur le fait que les genres décrits en 2015 par Mac Mahan ne sont pas valides en terme de code UCZN car la description ne permet pas de clairement différencier ces genres des autres. Mais le travail est fait dans cette étude et on n’aura pas à remettre du blanco sur tous les documents…
Pour rappel : Maskaheros argenteus et regani, Kihnichthys ufermanni, Cincelichthys pearsei et bocourti, Rheoheros lentiginosus et coeruleus, Oscura heterospila, Chiapaheros grammodes, Trichromis salvini (même si ce genre est à nouveau mal placé) et Mesoheros pour les espèces sud-américaines : festae, atromaculatus et ornatus (+ gephyrus).
Ce qui est étonnant est que les noms Bussingius et Panamius utilisés en 2007 par Schmitter-Soto, sans vouloir les décrire, ressortent comme possiblement décrits (seul le second restera) alors que Nosferatu semble repartir comme il est venu (car le critère des dents n’est pas valide), même si des groupes d’Herichthys existent.
Les genres monotypiques (qui donnent des boutons à beaucoup  Shocked  ) s’expliquent par des séparations très anciennes entre les espèces (en moyenne 18 Ma – minimum à 5,4 pour Theraps/Wajpamheros) qui ne permettent pas de les regrouper avec d’autres. Il y en a beaucoup en AMC « pur » (19 sur 31) mais c’est lié à l’histoire de ces espèces – ou à la non description d’espèces.

Cette étude amène à définir 9 nouveaux genres : Criboheros (alfari / longimanus), Kronoheros umbrifera (son appartenance à Caquetaia posait problème depuis un moment), Chortiheros wesseli, Mayaheros urophthalmus / beani (malgré une séparation géographique et temporelle longue, on ne peut pas phylogénétiquement les dissocier en 2 genres distincts), Talamancaheros sieboldii / underwoodi, Isthmoheros tuyrensis, Darienheros calobrensis, Chocoheros microlepis, Wajpamheros nourissati.

Le premier gros morceau est le basculement dans les Astatheroines des espèces qui n’étaient pas « noyau dur » des Herichthyines et qu’on avait un moment classé dans les Tomocichlines. Ces espèces semblent avoir colonisé en premier le Nicaragua (et non le Yucatan), comme les Amphilophines ultérieurement, puis sont remontées.
Les Nandopsines sont avec les Herichthyines ??? Là on va attendre un peu…  Rolling Eyes

Rheoheros repart chez les Paraneetroplus, proche donc des Maskaheros
Vieja est réhabilité mais mis en synonymie avec Paratheraps alors qu’on parle dans le texte des Vieja et des Vieja sensu stricto (les 2 espèces) - c'est certainement lié au piètre score du ddRAD sur ce groupe qui va nécessiter d'aller plus loin avant de proposer une séparation. Exemple pouvant expliquer ce score : le sp coatza est considéré comme une population de V. zonata.
Les Cryptoheros (ou plutôt les ex-Bussingius) explosent car non monophylétiques et beaucoup deviennent des Amatitlania.
Chocoheros microlepis Dahl, 1960 est une espèce proche des Mesoheros mais qui ne leur ressemble pas. Il est endémique au Rio Baudó sur la côte pacifique de la Colombie. Il n’a jamais été collecté depuis sa description mais a été aperçu (très rapide et de couleur argent).
Heros margaritifer du lac Peten semble être un hybride de Thorichthys et de Vieja melanura (mais l’absence de données ne permet pas de statuer).
Les Kronoheros de Colombie et du Panama semblent être 2 espèces distinctes
Les 27 espèces d’Australoheros semble être mises à mal avec finalement une quinzaine qui pourrait subsister (à suivre).
Astatheros pourrait avoir plusieurs espèces…

Pour plus tard :
Est-ce que Kihnichthys va survivre ou rentrer dans les Cincelichthys : l’absence de données ne permet pas de statuer et une étude ddRAD ultérieure sera nécessaire.
Est-ce que Oscura va survivre en tant que voisin de Rheoheros (comme le montre le Cyt b) ou rentrer dans les Vieja « vrais » (comme le montre ddRAD et le n-DNA), même s’il existe des différences morphologiques flagrantes.
Maskaheros n’est pas forcément amené à durer tel quel car décrit uniquement sur la présence des 2 barres interorbitaires qui est un caractère commun à tout  le groupe Paraneetroplus.

Eh oui, résumer 104 pages bien pleines n'est pas évident.
Relisez doucement pour éviter  
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Re: Nouvelle classification au 14 avril 2016

Message  goug1805 le Mar 06 Sep 2016, 18:31

Aîe !! Je crois que j'ai lâché à génome lol (vieux traumatisme de fac de bio)
Plus sérieusement, super boulot ! Rendre une publi basé sur la génétique compréhensible au "commun des mortels", je dis chapeau !
Merci (= grand merci)

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Re: Nouvelle classification au 14 avril 2016

Message  Nedr le Mar 06 Sep 2016, 19:12

Merci Bernard, je vais lire ça à tête reposé Very Happy

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Re: Nouvelle classification au 14 avril 2016

Message  xema le Mer 07 Sep 2016, 16:03

sacré boulot!!! caramba!!!

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Re: Nouvelle classification au 14 avril 2016

Message  JMR le Mer 07 Sep 2016, 17:02

Bonjour,,
Pour un petit nouveau qui cherche à comprendre...ce résumé est vraiment éclairant.
Merci infiniment Bernard cheers

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Re: Nouvelle classification au 14 avril 2016

Message  jessch le Sam 22 Avr 2017, 11:55

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Re: Nouvelle classification au 14 avril 2016

Message  ChristopheS le Sam 22 Avr 2017, 17:57

Sacrée étude !!!
Je sais je vais me faire jeter...
Tu as pas la même chose pour les Malawi ?

Arrêter de gueuler, c'est aussi des cichlidés !! Very Happy Very Happy
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Re: Nouvelle classification au 14 avril 2016

Message  richard55 le Sam 22 Avr 2017, 18:00

ChristopheS a écrit:Sacrée étude !!!
Je sais je vais me faire jeter...
Tu as pas la même chose pour les Malawi ?

Arrêter de gueuler, c'est aussi des cichlidés !! Very Happy Very Happy

C est à moi que tu adresse ce message CHRISTOPHE 😡😬😠 fait gaffe piot 😝😝😝😝😝
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